不少食品、营养补充品号称含有益生菌，对健康有好处。不过民众对益生菌常有一些错误疑问，或对益生菌产品怀有不切实际的期待，结果不但多花钱，身体也没有比较健康。
美国麻州综合医院儿科教授帕翠西亚·希伯德接受外电媒体访问时表示，部份厂商宣称营养补充品、食品含有益生菌，且有研究证实这些细菌可以预防或治疗某些特殊疾病，事实上，这背後隐藏许多问题。医界、学界对这部份还是有许多争议、疑惑。举例来说，人类到底需要服用多少剂量才能发挥保健效果？这些益生菌在体内是如何作用？这些疑惑都需要有更深入的研究，才能找到答案、有所定论。一般民众对於益生菌产品常有以下三种疑问∶
疑问一、所有益生菌补充品都是一样？
希伯德表示，这种想法绝对错误。每种市售益生菌补充品都不一样，有些含单一菌种，有些则含有不同菌种，且益生菌数量多寡也有很大差异，对健康所产生的影响自然也大不相同。因为变数很多，因此医界、学界很难证实这些细菌对健康到底有哪些好处。
疑问二、益生菌产品可以取代药物？
益生菌产品千万不能取代药物。希伯德指出，民众如果正在服用药物，千万不要擅自停药、改用益生菌产品。益生菌产品主要用来辅助保健之用，如果正在接受治疗，疗程还是要持续下去。
