造成溃疡的主要原因是幽门螺旋杆菌(helicobacter pylori)感染，通常要用抗生素治疗。但是营养也是很重要的因素，患有消化道系统疾病的人对细菌更加敏感。在溃疡和感染的关系被发现之前，光是使用营养疗法就很有效了。
不良饮食习惯造成溃疡
胃溃疡和十二指肠溃疡是不同的疾病，其中十二指肠溃疡和错误的饮食习惯有关，胃溃疡(peptic ulcer) 则是糖份代谢症候群的表象之一，主要发生在胃部靠近幽门的部分和十二指肠内。
许多证据显示因食物腐败所造成的胃溃疡是非常强的，但是两者之间仍有其他的异常之处，可能是因为胃溃疡流行的原因尚未确定，另一个原因是要研究垃圾食物流行病学很不容易。
很清楚的是，和其他糖分代谢症候群一样，吃精制食物的人越来越容易罹患胃溃疡。在英国伦敦，1900年以前的胃溃疡比率是0.1%∼0.3%，到了世纪交替之际，大约为1%，自1913年起，就达到2.2%∼3.9%之间。主要并发症是严重胃出血、胃穿孔和幽门狭窄(pyloric stenosis)。发生率会随着年龄增加，而大约有20%的人口因胃溃疡而苦。
胃溃疡和十二指肠溃疡是类似的疾病吗？
溃疡的主因：缺少蛋白质
胃中缺少蛋白质是造成溃疡的主要原因，因为食物带来的天然缓冲作用如果降低，胃黏膜就会接触到更多酸液而造成溃疡。我们的人类祖先食用完整新鲜的食物，而且饮食时间间隔缩短，身为采集者或猎人
他们能够边搜寻或打猎，同时边吃食物。蔬菜不需要另外处理，而多数动物的肉类份量很小，大多是蠕虫和一般虫类以及小型动物，大型动物并不是人类主要的食物。当取得了食物或饥饿时，便吃食物。
开始使用烹饪之后，时间便成了饮食过程的要素—食物必须先煮熟。其后，人们开始在农场和城市养殖动物，而工作的需求使得一日三餐变得愈来越实际，现在这仍是普遍的饮食模式，三餐之间人们会喝饮料和垃圾零食。
随意食用新鲜或生鲜(living food)的食物是一直以来我们的消化道所适应的饮食方式。但这样的系统机制和现在的饮食习惯不同，我们在短时间内吃进许多东西，一天当中只进食少数几次。最理想的情况是我们醒着活动时，稳定地食用少量且生鲜的食物，消化会持续且缓慢的进行，慢慢释放出食物中的营养，这样才不会造成消化器官过重负荷，这种饮食法对消化道里的菌丛生态有重要影响。
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